En corto No. 3 – Tips de NetBeans

Hay varias opciones si quieres agregar un identificador de versión automáticamente a tus programas de NetBeans pero la más sencilla de implementar es abrir el archivo build.xml en el directorio base de tu proyecto y editarlo de la siguiente siguiente manera:

...
  <tstamp>
    <format property="NOW" pattern="yyyy-MM-dd HH:mm:ss z" />
  </tstamp>
  <manifest file="manifest.mf">
    <attribute name="Implementation-Version" value="${NOW}"/>
  </manifest>

</project>

Esto pondrá un valor con la fecha de compilación en el archivo manifest.mf usado para crear el .jar de tu aplicación. Dentro de tu código puedes obtener ese valor con la siguiente instrucción:

String version = MiClase.class.getPackage().getImplementationVersion();
Fuentes:
http://www.javaxt.com/Tutorials/Netbeans/How_to_Add_Version_Information_to_a_Jar_File_with_Netbeans
https://stackoverflow.com/questions/5204297/put-version-to-my-java-application-netbeans

Usar los métodos del paquete java.util.logging puede ser útil para imprimir información de depuración que no quieres imprimir en la versión final de tu aplicación (definitivamente es una mejor opción que usar System.out.println()). Al igual que con el número de versión, hay varias formas de configurar el nivel de información de depuración que quieres imprimir pero una de las más sencillas es copiar el archivo de ejemplo logging.properties de ruta-de-instalación-del-JDK/jre/lib/logging.properties al directorio de tu proyecto y modificarlo para definir el nivel de información a imprimir por el logger que uses en tu código:

...
# Limit the message that are printed on the console to INFO and above.
java.util.logging.ConsoleHandler.level = ALL
java.util.logging.ConsoleHandler.formatter = java.util.logging.SimpleFormatter
...
# For example, set the com.xyz.foo logger to only log SEVERE
# messages:
# OFF - Deshabilita todos los mensajes
# ALL - Imprime todos los mensajes
# Nombre de nivel - limita los mensajes a ese nivel y superiores
nombre.logger = OFF

Una vez creado/modificado este archivo, sólo tienes que pasarlo como argumento al iniciar tu aplicación:

monstruosoft@monstruosoft-PC:~/ java -Djava.util.logging.config.file=ruta-del-archivo-logging.properties MiClase
Fuente:
https://stackoverflow.com/questions/6307648/change-global-setting-for-logger-instances/6307666#6307666